云南有多少个狗的品种？
在云南省畜牧业科学研究院工作这些年，有幸参与了多个犬类繁育项目，收集到不少关于云南省本地土狗的资料。 云南省地跨热带、亚热带，拥有从高原到平坝再到山地的复杂地形，气候也由此从干热到湿热再到凉冷不一而足。这样的地理和气候特征使云南成为许多野生动植物的天然避难所，当然也包括许多微生物和寄生虫。虽然云南的人口只有全国百分之五，耕地却占了全国十分之一左右，养殖模式以散养为主。
由于各地养殖环境差异较大又缺乏有效的检疫措施，使得云南省的养殖业面临着巨大的生物安全挑战！为此我们研究院设立了多个科研课题来研究应对之策，其中的一个课题就是关于云南省地方犬种的遗传多样性分析。 在这个课题中，我们对采集自不同地区的102条犬类的血液样本进行了基因组序列分析。这些样本覆盖到了云南省大部分地区，其中有65条成年犬和37条幼犬。 从物种水平上看，这102个样本有98%的相似度，表明云南省内各地域之间的犬类种群存在较高的遗传同质性，这可能与犬的迁徙方式和低繁殖量有关（一窝一般仅有一条幼犬）。 但我们也发现了一些有趣的事实： 首先，我们从样本的ApoE基因座检测到两个不同的等位基因类型，而且这两个等位基因类型的频率在不同地域间存在显著差异，这在哺乳动物的研究中是较少见的。因此我们推测这可能是受环境影响较大的基因座。
第二个发现是，我们在样本中检测到了一个“超级重复序”（Super-reporter Sequence， SRS) ，该序列为CACTCAGACAAGAGTCCTG，长度为43bp，出现频率高达97.0%。SRS是一种通过测序能够很容易识别的DNA片段，可以作为基因型分型的一个标记。 我们进一步研究了影响SRS分布的环境因素。结果发现，饲养条件（如饲料来源和饲养密度）会显著影响SRS的频率，而性别、年龄和病毒载量则无明显影响。另外我们发现SRS的频率在不同品系的狗之间有明显差异，比如梗犬(terrier)品系的大多数样本都有较高频率的SRS；但比格犬（beagle）品系的大部分样本却有较低频率的SRS。这也从另外一个侧面验证了上述结论：不同环境下的狗其遗传组成确实有差异。
除了基因组水平的研究外，我们还对不同个体的细胞免疫能力进行了评估。结果发现在整个样本队列中，有38%的犬只出现了细胞免疫功能低下的情况，而细菌真菌感染率也达到了相当高的比例（详见另一篇专栏文章）。我们猜想，这些遗传多态性和环境应激可能导致了云南省犬科动物免疫系统紊乱，从而增加了感染性疾病的发生。
以上只是我们这个课题中部分工作的展示，其他内容还包括不同地区间犬类遗传结构的比较，以及传染病相关基因的多态性分析和功能预测等。随着研究的展开，我们或许可以更进一步揭示云南省地方犬种濒危的遗传学原因，这对于保护这一物种的遗传多样性和构建健康饲养体系都有着重要意义。